تناط إدارة البرنامج بالجهات المشتركة التالية: لجنة المتابعة المشتركة، لجنة اختيار المشاريع، سلطة الإدارة المشتركة والسكرتارية الفنية المشتركة، بالإضافة إلى مكتبين فرعيين لتقديم الدعم لكل من سلطة الإدارة المشتركة والسكرتارية الفنية المشتركة. يقع المكتب المتعلق بغرب المتوسط في فالنسيا (إسبانيا)، أما المكتب المتعلق بشرق المتوسط فمركزه العقبة (الأردن).